ปัจจุบันคณะประมง (Faculty of Fisheries) ประกอบด้วย 5 ภาควิชา

ภาควิชาการจัดการประมง

มุ่งเน้นด้านการบริหารจัดการ การวางแผนการใช้ทรัพยากรอย่างยั่งยืน รวมทั้ง เศรษฐศาสตร์ สังคมและนิติศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง เช่น การสำรวจทรัพยากรด้วยดาวเทียม(Remote Sensing), การจัดการความขัดแย้ง, การจัดการแหล่งน้ำ

ประกอบด้วยหมวดวิชา 1.การจัดการทรัพยากรสัตว์น้ำและสิ่งแวดล้อมทางน้ำ(Aquatic Resources and Environment) 2.นโยบายและการบริหารทรัพยากรสัตว์น้ำ(Fisheries Policy and Administration) 3. เศรษฐศาสตร์การประมง(Fishery Economics) 4. ธุรกิจการประมง(Fishery Businiss) 5. การประมงชุมชน(Fishery Society) 6.สารสนเทศเพื่อการจัดการประมง(Fisheries Information Technology)

ภาควิชาชีววิทยาประมง

มุ่งเน้นด้านวิทยาศาสตร์ บทบาทและความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิต ระบบนิเวศวิทยาและสิ่งแวดล้อมในแหล่งน้ำ เช่น การประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม(EIA), ไวรัสวิทยา, มีนวิทยา

ประกอบด้วยหมวดวิชา 1.ความหลากหลายทางชีวภาพในแหล่งน้ำ (Aquatic biodiversity) 2.นิเวศวิทยาและสิ่งแวดล้อมทางน้ำ (Aquatic Ecology and Environments) 3.สรีรวิทยาสัตว์น้ำ และพิษวิทยา (Aquatic Animal Physiology and Toxicology) 4. สุขภาพสัตว์น้ำ (Aquatic Animal Health) 5.ชีวประวัติสัตว์น้ำ และพลศาสตร์การประมง (Life History of Aquatic Animal and Fishery Dynamics)

ภาควิชาเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ

มุ่งเน้นด้านการปรับปรุงพันธุกรรม และการบริหารจัดการฟาร์ม เช่น ระบบการเพาะเลี้ยงแบบหนาแน่น , วิทยาภูมิคุ้มกัน, การวิเคราะห์คุณภาพน้ำและอาหารสัตว์น้ำ

ภาควิชาผลิตภัณฑ์ประมง

ภาควิชาผลิตภัณฑ์ประมง เป็นสถาบันแห่งแรกในประเทศไทยที่มีจัดการสอนและวิจัยด้านวิทยาศาสตร์การอาหาร[5][2][6][7][8]ในระดับอุดมศึกษา มุ่งเน้นด้านเทคโนโลยีและวิศวกรรมการแปรรูป มาตรฐานและการวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ รวมทั้งการบริหารโรงงานอุตสาหกรรม เช่น วิศวกรรมการแช่เยือกแข็ง, โลจิสติกส์, การวิเคราะห์และออกแบบโรงงานอุตสาหกรรมอาหารทะเล

ประกอบด้วยหมวดวิชา 1.เคมีและชีวเคมีของสัตว์น้ำและผลิตภัณฑ์ (Seafood Chemistry and Biochemistry) 2.จุลชีววิทยาและเทคโนโลยีชีวภาพทางผลิตภัณฑ์ประมง (Fishery Products Biotechnology) 3.เทคโนโลยีหลังการเก็บเกี่ยว (Post-harvest Technology)

ภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล

มุ่งเน้นด้านการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ เทคโนโลยีการจับสัตว์น้ำในทะเล เช่น ธรณีวิทยาและปิโตรเลียม, การเดินเรือ, แพลงก์ตอนวิทยา(Planktology)

ประกอบด้วยหมวดวิชา 1.นิเวศวิทยาและความหลากหลายทางชีวภาพ (Ecology and Biodiversity) 2.สมุทรศาสตร์และสิ่งแวดล้อม (Environment and Oceanography) 3.เทคโนโลยีประมงทะเล (Marine Fisheries and Maritime) 4.เทคโนโลยีชีวภาพทางทะเล (Marine Biotechnology)